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含有Cys的多肽在出货前经过还原了吗？
如果没有发现肽已经被氧化，我们一般不对Cys 进行还原。所有的多肽都是由粗品在pH2条件下纯化、冻干后得到的，这样的pH条件至少在某种程度上防止了Cys的氧化。含Cys的肽一般在pH2条件下进行纯化，除非有特殊原因需要在pH6.8条件下纯化。如果纯化在pH6.8进行，纯化产物必须马上用酸处理以防氧化。在最后的质量控制环节，对于含有Cys的肽，如果MS 图谱上发现有分子量为(2P+H)的物质存在，说明已形成二聚体。如果MS和HPLC都没有问题，我们就直接冻干后出货，无须再做任何处理。需要指明的是，含有Cys的肽随着时间的推移会发生缓慢的氧化，氧化程度主要取决于肽序列及贮存条件。
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如何确定肽已成环？
我们用Ellman反应来检测成环反应是否完全。如果Ellman检测结果为阳性（黄色），说明成环反应不完全；如果检测结果为阴性（不是黄色），说明成环反应已进行完全。我们对客户不提供环化鉴定的分析报告，一般在QC报告单中会有关于Ellman检测结果的描述。
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我需要合一条环肽，其中含有一个色氨酸，它会被氧化吗？
色氨酸的氧化是肽氧化中的常见现象，而肽一般是先环化再纯化，如果其中的色氨酸发生了氧化作用，肽在HPLC柱上的滞留时间会发生变化，氧化可以通过纯化去除。再者，氧化的肽也可以通过MS检测到。
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是不是在肽和修饰标记的染料之间都需要加一个间隔？
如果你打算将一个大分子（如某种染料）连到肽上，最好在肽和配体之间设一个间隔，以尽量减少肽本身的折叠作用或者其偶联物的折叠作用对受体造成的干扰。也有人不希望间隔的存在，例如，在蛋白质的折叠研究中，可以通过确定将荧光染料连在某个氨基酸的某个位点上来研究二者在折叠结构上相距多远。
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如果想在N端做生物素修饰，需要在生物素和肽序列之间加一个间隔吗？
我公司采用的标准的生物素标记程序是先往肽链上连一个Ahx，然后再连生物素。Ahx是一个6碳化合物，把它加在肽和生物素之间起到间隔的作用。
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就磷酸化肽的设计能不能给出一些建议？
随着长度的增加，从磷酸化的那个氨基酸往后偶联效率逐渐降低。合成方向从C端到N端，建议磷酸化的那个氨基酸以后的残基不要超过10 个，也就是说从N端往C端数磷酸化氨基酸之前的氨基酸残基最好不要超过10个。
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为什么要进行N端乙酰化，C端酰胺化修饰？
这些修饰可以使肽不会被降解掉，也可以使肽模拟它在母本蛋白中α氨基和羧基的原始状态。
